L'aquarium est un écosystème artificiel et la santé des poissons en dépend. Plus le volume sera grand et plus les paramètres seront stables et plus les poissons seront en bonne santé. A minima, on compte généralement 1 litre/cm de poisson et, à de rares exceptions (comme pour le cas des combattants, des killies...), un aquarium de plus de 100 litres est nécessaire pour maintenir des poissons d'aquarium.

Un aquarium doit obligatoirement comporter un système de filtration et des plantes. En fonction des poissons hébergés, plusieurs types d'aquarium sont possibles : aquarium d'eau froide (pour poissons rouges), aquarium tropical (pour poissons d'ornements) ou aquarium marin.

La qualité de l'eau est garante de la santé des poissons. L'eau est caractérisée par sa température, son acidité et sa dureté. La température est assurée par un thermostat pour les espèces d'eau chaude. L'acidité de l'eau est généralement corrélée à sa dureté et sa composition en minéraux.

Cette eau doit être renouvelée toutes les semaines d'environ 25% du volume de l'aquarium. L'eau neuve doit être complémentée d'un conditionneur d'eau et doit être idéalement préparée la veille pour laisser évaporer le chlore et atteindre un équilibre en température.

Les plantes naturelles sont indispensables à l'aquarium. Elles sont littéralement le poumon de l'aquarium. Elles utilisent le CO2 dissous ainsi que les nitrates pour synthétiser de la matière organique et de l'oxygène. Par ailleurs, elles fournissent un abris pour les poissons.

On distingue plusieurs types de plantes:

- les plantes flottantes : lentilles d'eau, riccia, pistia

- les plantes sans racine : cladophora, mousse de java, fougère de java, anubia

- les plantes racinaires : la plupart des autres plantes. Pour pousser ces dernières auront besoin d'un terreau spécial pour aquarium.

Les poissons sont des animaux sociaux pour la plupart. Il faut donc idéalement les maintenir en groupe de plusieurs individus (voire en banc). Pour faire cohabiter différents poissons, il faut vérifier leur compatibilité de caractère, vérifier leur mode de vie (poisson de surface, mi-eau, fond) et vérifier leur taille.

Voici quelques combinaisons classiques :

- Un combattant et des crevettes d'eau douce

- Des poissons rouges

- Des scalaires, un banc de tetra cardinaux, des corydoras, des otocinclus

- Des gouramis, un banc de rasboras, des kulhis

- Des guppys, platys et xiphos

- Des cichlidés du lac Malawi

Le filtre est le lieu de réaction chimique qui permettra de détoxifier l'eau et de transformer l'aquarium en un lieu vivable et agréable pour les poissons. Le principe est de faire circuler l'eau à travers des particules de céramique ou des mousses de plus en plus petites. L'eau va être ainsi débarrassée de ses plus gros débris et exposée à des bactéries qui vont transformer les substances chimiques de l'eau (dont l'ammoniaque rejetée par les poissons).

Plusieurs types de filtres sont disponibles :

- Des filtres internes : ce sont de petits appareils équipés d'un moteur et de charges filtrantes.

- Des filtres à décantation : ce sont des filtres fixés sur une des parois de l'aquarium qui décrivent un circuit d'eau avec des masses filtrantes.

- Des filtres externes : l'eau est aspirée hors de l'aquarium, passe dans les charges filtrantes et est ré-injectée dans l'aquarium. C'est le mode de filtration recommandé.

L'oxygène de l'eau est évidemment indispensable pour les organismes aquatiques. L'oxygène dissous est fonction de la surface de contact entre l'air et l'eau (donc la surface de l'aquarium longueur x largeur), de la densité de plantes et de la présence d'un bulleur. Le brassage de l'eau permet à l'oxygène de l'air de bien se mélanger à l'eau.

Les granulés et les paillettes sont souvent les aliments de base chez les poissons d'aquarium. Bien qu'il s'agisse d'aliments complets, il faut rappeler qu'une date de péremption figure sur la boite et que les vitamines et les nutriments contenus dans la nourriture s'oxydent rapidement avec le temps.

Il est recommandé de changer régulièrement sa boite de granulés, environ tous les trois mois. Les poissons doivent être nourris avec parcimonie, une pincée par poisson et une fois tous les deux jours.

Pour avoir des poissons en bonne santé, il est primordial de leur donner une alimentation vivante (artemia salina, vers de vase, daphnie, etc...), ce qui fournit une portion intéressante de protéines, vitamines et minéraux.

Ces aliments sont également plus digestes et polluent beaucoup moins l'eau. Alternativement, ces aliments sont aussi disponibles sous forme congelée, ce qui représente une bonne alternative.

Les poissons apprécient les aliments ménagers tels qu'une feuille de laitue ou d'épinard pochée (bouillie quelques minutes), une rondelle de concombre ou de courgette, ou encore du coeur de boeuf.

Par contre, il est essentiel de retirer rapidement tous les aliments qui n'ont pas été consommés sous peine de provoquer un pic de nitrate (intoxication).

Lorsqu'on démarre un aquarium, il est impératif de respecter un délai entre la mise en eau et l'introduction des poissons. Ce délai est généralement de 3 semaines mais des cycles plus longs sont bénéfiques.

Ce délai permet aux bactéries de s'installer dans le filtre et dans le substrat et de traiter les déchets azotés. Si le poisson est introduit trop tôt, il sera exposé au pic de nitrite, ce qui peut être fatal au poisson ou l'intoxiquer sévèrement. 

Nourrir régulièrement son poisson et en quantité importante est une erreur classique en aquariophilie. En effet les poissons ont un métabolisme bien plus lent et nécessitent un apport calorique très restreint. Donner trop de nourriture a également pour conséquence d'augmenter la quantité d'urines et d'excréments produits par les poissons. Ces déchets doivent ensuite être absorbés par le filtre de l'aquarium puis par les plantes. Ce phénomène est d'autant plus fort si l'aquarium n'est pas ou mal équipé en filtre ou en plantes.

Tout ceci concourt à dégrader la qualité de l'eau et rendre le poisson malade. Idéalement, 3 jours de jeûne devraient être respectés dans la semaine et des aliments vivants/congelés devraient être distribués deux fois dans la semaine au minimum.

Les nitrates sont le reflet de la quantité d'azotes émis dans l'aquarium. Cette quantité d'azote est corrélée à la présence d'éléments vivants (plantes, algues, poissons et invertébrés) mais aussi aux éléments nutritifs (paillettes, granulés, nourriture). Chaque fois que l'on introduit un poisson, un invertébré ou de la nourriture, on ajoute de l'azote dans l'aquarium. Cet azote doit être évacué. Cela peut se faire par les plantes qui assimilent l'azote ou par les changements d'eau.

Cependant, un pic de nitrate peut correspondre à une forte augmentation d'azote (plusieurs poissons morts subitement, des algues mortes en même temps, une grande quantité de nourriture introduite) ou à une capacité de filtration réduite de l'aquarium (absence de filtre, filtre qui n'est pas encore peuplé de bactérie, filtre lavé trop soigneusement ou filtre dont les bactéries ont été tuées par un traitement antibiotique) et l'absence ou la rareté des plantes.

La maladie des points blancs est généralement causée par un parasite protozoaire (Ichtyophtirius multifiliis) qui s'enkyste dans la peau des poissons provoquant ces granules cutanés blancs caractéristiques. D'autres parasites se manifestent également sous cette forme (oodinum, costia, etc...). La maladie s'exprime lors de stress pour le poisson, généralement à l'acquisition. Le parasite vit principalement dans l'eau, raison pour laquelle le traitement du poisson ne suffit pas à éradiquer l'infection, il faut traiter tout l'aquarium. 

Le parasite ne supporte pas les températures élevées (>30°C) ce qui peut être une bonne méthode de contrôle de l'infection. Des produits commerciaux à base de vert de malachites sont généralement efficaces.

Les poissons d'aquarium sont parfois sujets à des parasites digestifs (Camallanus par exemple). Ceux-ci sont fréquents chez les individus sauvages, mais les poissons d'élevage peuvent aussi être contaminé par de la nourriture vivante. Les poissons affectés peuvent être plus maigres, présenter des selles blanches visqueuses et avoir une couleur plus pâle.

Les traitements sont nombreux et font appel à des anti-parasitaires digestifs. Idéalement l'identification du parasite est recommandée afin de choisir un traitement efficace.

La columnariose est une maladie causée par une bactérie (Flexibacter columnaris). Elle se traduit généralement par la pourriture des nageoires (celles-ci se décollent ou se déchirent) ou une bouche dite cotonneuse (proliférations blanches autour de la bouche). Dans certains cas, les poissons coulent et n'arrivent pas à remonter à la surface, il restent donc au fond de l'aquarium.

Le traitement passe par l'identification du pathogène et le choix de l'antibiotique le plus adapté.

L'hypoxie est le manque d'oxygène dans l'eau. Les signes d'hypoxie chez le poisson se manifestent par le fait de respirer à la surface en tentant de gober de l'air, des battements d'opercules rapides, de la nervosité et une hyper excitation. L'hypoxie est généralement causée par de fortes chaleurs ou de fortes baisses de pression atmosphérique (avant un orage). Ce phénomène est accentué en cas de pic de nitrites concomitants.

Il faut alors brasser l'eau et la changer rapidement pour la rafraichir. Dans certains cas, cela peut être bénéfique pour les poissons d'avoir accès à de l'oxygène dissous directement dans l'eau.